將螺母內置與電機中，絲桿可穿過電機作線性運動。該設計中絲桿需限制轉動以產生線性運動。

貫通軸(絲桿貫穿)電機通常的應用行程是30-200mm，對比外部驅動軸式電機，貫通軸電機的優勢是允許更大的安裝同軸度誤差。線性模組的絲桿和螺母如果與導軌平行度不好，會導致系統問題產生，盡管螺母允許一定徑向間隙，但對于整個模組來說，是不夠的;貫通軸式電機的螺母徑向間隙可以允許絲桿的傾斜度1゜以內，可以容忍更大的系統誤差。

另一個只有貫通軸電機能實現的應用是將電機作為滑動部件，與導軌滑塊連接，絲桿兩端固定。該應用的一個優點是絲桿不做旋轉轉動，因此沒有臨界速度的限制;第二個優點是在同一根絲桿上可安裝多個電機，電機不能互相“通過”，但是其運動是互相獨立的。貫通軸式電機的優勢是允許系統有一定的安裝不同心，但它不僅僅適用于安裝誤差稍大的應用，同時也適用于諸如活塞泵這樣的精確定位和安裝的應用。螺桿自定心的設計可使其隨導向適應不同心的安裝，也可以避免對活塞密封件產生側向力。

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